Repere genomului: Abalone negru (Haliotis cracherodii)

The Scientist Magazine®

Blipsa abalone (Haliotis cracherodii) au fost cândva abundente în habitatele subtidale din California, oferind proteine ​​și cochilii strălucitoare popoarelor indigene care au trăit alături de ele timp de milenii. Pescuitul comercial din SUA s-a concentrat inițial pe rudele moluștei erbivore, dar în urma scăderii acestor crustacee cauzate de recoltare excesivă, în 1968 a început o pescuit comercial la scară largă pentru abalone negru, care la începutul anilor 1970 a scos sute de tone metrice de animale din coasta în fiecare an. Apoi, în anii 1980 și 1990 – când abalone negru era deja în declin – o boală microbiană devastatoare cunoscută sub numele de sindromul ofilării a ucis milioane de ei, distrugând mai mult de 80% din populația totală. Acest lucru a determinat Uniunea Internațională pentru Conservarea Naturii (IUCN) să desemneze specia ca fiind pe cale critică de dispariție și a declanșat o serie de protecții federale.

În 2020, Serviciul Național de Pescuit Marin din SUA a identificat opt ​​acțiuni majore necesare pentru conservarea și restaurarea animalelor, inclusiv evaluarea structurii genetice și a diversității populațiilor sălbatice. Deși au fost publicate unele studii genetice asupra abalone-ului negru, o înțelegere mai profundă a biologiei și ecologiei animalelor a fost împiedicată de absența resurselor genomice. Așadar, pentru a ajuta o astfel de muncă, precum și pentru a oferi perspective noi asupra acestor melci în pericol critic, cercetătorii de la Universitatea din California, Santa Cruz, au construit un genom de calitate de referință pentru specie.

Vezi „Cercetătorii urmăresc rechinii și balenele folosind ADN-ul în probele de apă de mare”

Secvența de 1,18 Gb, publicată pe 14 mai în Jurnal de ereditate, a fost asamblat folosind o combinație de citiri lungi Pacific Bio HiFi și captură de cromatinei Omni-C (care leagă ADN-ul înainte de secvențiere pentru a obține informații genomice 3D). Folosind un set de gene de referință pentru metazoare, cercetătorii estimează că genomul este complet în proporție de 97,4 la sută; cu un set de gene specifice moluștelor, se estimează că este complet în proporție de 86%.

Abalone negru a fost cândva abundent de-a lungul coastei Californiei, unde activitățile lor de pășunat au jucat un rol esențial în ecosistemul subtidal.

© INATURALIST.COM, HKIBA

Genomul se adaugă celor patru genomi publicate anterior ale altora Haliotis specie și este primul dintr-un abalone pe cale critică de dispariție, notează autorii – într-adevăr, dintre cele peste 3.200 de genomi de animale din baza de date NCBI, ei subliniază că doar 75 provin de la moluște, în ciuda faptului că Mollusca este al doilea cel mai mare grup de animale.

„Genomul de referință al abalone negru va fi o resursă esențială în înțelegerea istoriei evolutive a acestei specii, precum și pentru explorarea nivelurilor sale actuale de diversitate genetică și stabilirea planurilor viitoare de management și restaurare”, scrie echipa în lucrare, adăugând că secvența. ar trebui să permită oamenilor de știință să răspundă la întrebări cheie despre animale, cum ar fi dacă există variații genomice asociate cu rezistența sau susceptibilitatea la sindromul de ofilire și dacă structura populației lor indică bariere ecologice în calea dispersării și așezării care trebuie depășite prin acțiuni de management.

Pe locul doi:

Pufanul Balearelor (Puffinus mauretanicus)

Unele estimări sugerează că cea mai amenințată pasăre de mare din Europa, pufinul din Baleare, va dispărea în următoarea jumătate de secol dacă eforturile de conservare nu pot inversa scăderea anuală abruptă a populației sale. Cercetătorii speră că eforturile de restaurare vor fi ajutate de un genom de referință de înaltă calitate (estimat la 95,9 la sută complet) pentru specie, publicat pe 7 mai în Biologia și evoluția genomului. Echipa a folosit secvența pentru a reconstrui istoria demografică a speciei, care include o scădere bruscă a dimensiunii populației cu aproximativ 150.000 de ani în urmă, care coincide cu o perioadă de niveluri foarte scăzute ale mării. „Cercetările viitoare în curs de desfășurare, folosind o abordare mai puternică a genomicei populației, vor permite reconstrucția istoriilor demografice mai recente ale speciei și va testa ipotezele bazate pe fosile ale unei pierderi recente a populației din cauza colonizării umane a insulei”, autorii. scrie.

ovăz cultivat (Avena sativa)

Ovăzul cultivat a fost o cultură de cereale de bază în întreaga lume de secole, astfel încât a existat mult interes în dezvoltarea resurselor genomice pentru specie. Din păcate, genomul complex al plantei conține mai mult de 80.000 de gene – mult mai multe decât au oamenii – dând bătăi de cap geneticienilor. În cele din urmă, totuși, cercetătorii au publicat un ansamblu bine adnotat, la scară cromozomală în Natură pe 18 mai. Analizele care utilizează ansamblul au dezvăluit reorganizări genomice la scară largă din trecut care stau la baza reproducerii afectate între soiuri. Datorită secvenței, „[m]Strategiile de ameliorare obișnuite, cum ar fi editarea genomului și piramidarea genelor, pot fi acum mai ușor aplicate în ovăz pentru a dezvolta soiuri care să răspundă cererii tot mai mari de produse derivate din ovăz”, scriu autorii. Pe scurt, ei concluzionează că „acest genom de referință a ovăzului hexaploid complet adnotat pune bazele progreselor în creșterea ovăzului și în biologia de bază a ovăzului și pentru proiectul pan-genom în curs de desfășurare”.

Repere genomului este o coloană lunară pentru Omul de științălui Genetică și genomică buletin informativ care evidențiază secvențele genomului publicat recent și misterele vieții pe care le pot dezvălui.

Leave a Comment

Adresa ta de email nu va fi publicată.