Prevalența SARS-CoV-2 la moluștele bivalve din zonele de recoltare din sudul Italiei

Study: Detection of SARS-CoV-2 RNA in Bivalve Mollusks by Droplet Digital RT-PCR (dd RT-PCR). Image Credit: Alfonso de Tomas/Shutterstock

Apariția și diseminarea globală a sindromului respirator acut sever coronavirus 2 (SARS-CoV-2), virusul care a provocat pandemia bolii coronavirus 2019 (COVID-19), prezintă o provocare uriașă pentru strategiile globale de sănătate. După Sindromul Respirator Acut Sever (SARS) și Sindromul Respirator din Orientul Mijlociu (MERS), SARS-CoV-2 este considerat al treilea focar semnificativ de coronavirus din ultimii 20 de ani.


Studiu: Detectarea ARN-ului SARS-CoV-2 în moluștele bivalve prin RT-PCR digitală cu picături (dd RT-PCR). Credit imagine: Alfonso de Tomas / Shutterstock


Coronavirusurile (CoV) sunt un gen de viruși înveliți care provoacă în principal infecții ale tractului respirator și gastrointestinal. Majoritatea persoanelor care au COVID-19 au simptome respiratorii, în timp ce 18% au simptome gastrointestinale. ARN viral a fost găsit în scaunele pacienților cu COVID-19 în procente cuprinse între 16,5% și 100% în unele studii.


Crustaceele bivalve sunt creaturi care se hrănesc prin filtrare care sunt ușor contaminate de infecții umane în apele municipale afectate de canalizare. De la sfârșitul secolului al XIX-lea și începutul secolului al XX-lea, legătura dintre poluarea apelor uzate și bolile infecțioase transmise de crustacee a fost pe scară largă documentată. Stridiile, scoicile și scoicile, printre alte crustacee bivalve, sunt vectori majori pentru infecțiile enterice virale. Pericolele consumului de crustacee crude sau parțial fierte sunt mai mari. Tehnicile de reluare și depurare, care includ scufundarea crustaceelor ​​în apă curată pentru perioade diferite de timp după recoltare din locațiile lor de producție, sunt utilizate în mod obișnuit pentru a minimiza numărul de bacterii fecale din crustacee; cu toate acestea, ele nu eradicează efectiv virușii.


Reacția în lanț a polimerazei de transcripție inversă (RT-PCR) a apărut ca metodă principală de diagnosticare a infecției cu SARS-CoV-2 și o varietate de ținte moleculare, inclusiv cele care codifică nucleocapsidul (N), proteina membranei (M), au fost identificate plicul (E) și vârful (S). Alte proteine ​​structurale care pot fi utilizate pentru diagnosticarea COVID-19 includ cadrele deschise de citire ORF1a și ORF1b și ARN polimeraza dependentă de ARN (RdRp).


Rata fals-negative a testelor bazate pe RT-PCR în timp real a fost raportată a fi de până la 20% în practica clinică. Scopul studiului actual, publicat în Int. J. Environ. Res. Sănătate Publicăurma să colecteze date despre prevalența SARS-CoV-2 la moluștele bivalve (Mytilus galloprovincialis) recoltate în regiunea Campania (Sudul Italiei) folosind dd RT-PCR pentru detectarea nivelurilor scăzute de virus în țesuturile moluștelor.


Studiul


Toate probele care au fost examinate au trecut standardele de asigurare a calității. ARN-ul SARS-CoV-2 a fost găsit în 19 din cele 179 de probe examinate prin metoda dd RT-PCR în moluște bivalve colectate între septembrie 2019 și aprilie 2021 din zona de coastă a provinciei Napoli (Italia). Amplificarea zonei Orf1b nsp14 a fost observată în 11 din 20 de probe, amplificarea țintei RdRp a fost observată în 10 din 20 de probe și amplificarea țintei E a fost observată în 4 din 20 de probe; nicio probă nu a evidențiat amplificarea genei N.


În general, un eșantion a fost testat pozitiv pentru virus în toate țintele PCR, trei au fost testați pozitiv pentru genele RdRp și E, unul a fost testat pozitiv pentru Orf1b nsp 14 și gena RdRp și 14 probe au fost testate pozitiv pentru o singură țintă. Testul RT-PCR în timp real, care a vizat două site-uri ale genei N, a dat rezultate pozitive în 11/179 de eșantioane, toate cu valori Ct mai mari de 35. Doar trei dintre aceste probe s-au potrivit cu probele dd RT-PCR-pozitive. Prezența SARS-CoV-2 a fost detectată în 27/179 de eșantioane după fuzionarea datelor din analizele dd RT-PCR și RT-PCR în timp real.


Au fost colectate probe pozitive de la șapte ferme de moluște bivalve din zona Golfului Napoli; alte rezultate pozitive au fost legate de crustaceele bivalve recoltate ilegal în zone neautorizate de origine necunoscută. Locațiile de producție cu cel mai mare număr de probe pozitive au fost găsite de-a lungul coastelor nordice și centrale ale Campaniei. Nouă din douăzeci și șapte de probe pozitive au provenit de la situl „Varcaturo”, 4 din 27 de la situl „Rada Santa Lucia” și 4 din 27 de la situl „Bacoli”. În februarie 2021, o fermă din situl „Monte di Procida” a colectat proba cu cea mai mare concentrație de virus prin dd RT-PCR a genei RdRp.


Amplificarea zonei de vârf parțial SARS-CoV-2 a fost realizată în 5 din cele 27 de probe examinate: ID-urile probei 118, 119, 177 și 178 au fost pozitive prin PCR 973, eșantionul ID 101 prin PCR 975 și nu s-a obținut nicio amplificare cu PCR 980. Între ianuarie și aprilie 2021, au fost colectate toate probele amplificate. Probele 118, 119, 177 și 178 (aa 58-150 ale genei spike) au avut o identitate de 100% cu zona relevantă a secvenței prototipului NC_045512 (tulpina Wuhan) atunci când sunt secvențiate.


Implicații


Acesta este primul studiu care caracterizează SARS-CoV-2 la midii bivalve la nivel molecular și care descrie descoperirea mutațiilor asociate cu o variație de îngrijorare. Această lucrare arată că SARS-CoV-2 se poate bioacumula în moluștele bivalve la niveluri detectabile prin RT-PCR digitală cu picături sau RT-PCR în timp real. Rata de detecție variază de-a lungul timpului în raport cu eliminarea virală în apele în creștere. În plus, mostrele de crustacee pozitive pot fi secvențiate pentru caracterizarea moleculară și identificarea variantelor SARS-CoV-2. Ca rezultat, moluștele bivalve ar putea fi o modalitate interesantă de a urmări propagarea SARS-CoV-2 în corpurile acvatice, precum și o modalitate utilă de a urmări modelele focarelor și diversitatea virală.

.

Leave a Comment

Adresa ta de email nu va fi publicată.